Судья Басманного районного суда города Москвы Наталья Мушникова зарекомендовала себя как надежный исполнитель политических заказов в делах ЮКОС, Магнитского, а также в "Болотном деле".
Определила Рихарду Соболеву и Александру Каменскому меру пресечения в виде ареста до 10 августа. Продлила срок ареста Федору Бахову и Ярославу Белоусову до 6 ноября. Продлила срок ареста Денису Луцкевичу до 6 ноября. Продлила арест Андрея Барабанова и Николая Кавказского до 6 марта 2013 года. Продлила срок ареста Артёма Савёлова до 6 марта 2013 года.
21 февраля 2013 арестовала Александра Марголина до 6 апреля.
Ранее участвовала в гибели Василия Алексаняна: вынесла постановление о продлении срока содержания его под стражей, отказывала в удовлетворении жалоб защиты на действия следствия.
В 2011 году вошла в список «отказавших в правосудии матери Сергея Магнитского», опубликованный Hermitage Capital, за то, что дважды отказала в жалобах адвоката матери Сергея Магнитского – о доступе к архиву органов для проведения медицинского исследования (19 июля 2011 года) и о сокрытии от родственников материалов официального расследования путем выделения отдельного дела в отношении медицинского персонала «Бутырки» (8 декабря 2011 года).